Smadzeņu abscesu ārstēšana var būt konservatīva un ķirurģiska. Ārstēšanas metode galvenokārt ir atkarīga no abscesa attīstības stadijas, tās lieluma un lokalizācijas. Encefalīta fokusa veidošanās stadijā (anamnēzes ilgums ir līdz 2 nedēļām), kā arī maziem (<3 cm diametrā) abscesiem, ir norādīta konservatīva ārstēšana.