Cēloņsakarības noteikšana ir būtiska, lai apstiprinātu pneimocistozes diagnostiku. Pamata materiāls pētījumā - krēpas, bronhu sekrēti, mazgāšanu, kas iegūta, mazgājot bronhos vai bronchoalveolar skalošana, plaušu audu gabaliņi, ko transbronchial, zemādas vai atklāta biopsijas. Visbiežāk, sakarā ar smagu pacienta stāvokli, šīs manipulācijas netiek veiktas, lai izvairītos no komplikācijām.