Ērču izcelsmes vīrusu encefalīta izraisītājs ir Flavivīrusa ģints. Virionam ir sfēriska forma, diametrs 40-50 nm, satur RNS, labi atveidojas daudzās audu kultūrās. No laboratorijas dzīvniekiem baltās peles, kāmji, pērtiķi, kokvilnas žurkas ir visjutīgākie pret šo vīrusu. Uzņēmīgi pret ērču encefalīta vīrusu un daudziem mājdzīvniekiem.